Khi Lê Chiêu Thống theo chân quân Thanh vào Thăng Long. Sách Lê Quý kỷ sự chép: Giáng phong Yến đô vương Trịnh Bồng xuống làm Huệ địch công. Bồng từ Kim Bảng đến Thăng Long, lạy mừng nhà vua, Tự hoàng mời vào hội kiến, thăm hỏi yên ủi Bồng cảm khóc lạy tạ. Tự hoàng sai phong Bồng làm Huệ Địch công. Sau đó, mỗi khi triều yết, Bồng cũng ngang như bách quan.[2]

Trịnh Bồng được sách Hoàng Lê nhất thống chí miêu tả là người đôn hậu, thật thà, không có hùng tâm làm chúa. Khi bị mất ngôi, cơ nghiệp của cha ông không thể cứu vãn, ông trốn đời bỏ đi tu hành rồi trốn đời đi biệt tích, tuyệt nhiên không nghĩ tới chuyện cầu viện nước ngoài.

Sau này quân Tây Sơn do Nguyễn Huệ chỉ huy tiến chiếm Thăng Long, Lê Chiêu Thống phải chạy sang Trung Quốc, Trịnh Bồng cũng bị truy đuổi gắt gao và phải lánh sang Ai Lao.

Thấy em Chiêu Thống là Lê Duy Chỉ chạy lên Hà Giang chống Tây Sơn, Trịnh Bồng tìm cách bắt liên lạc. Ông lại tự coi mình là chúa, ban chức cho một thuộc hạ là Lê Duy Dao làm Nhập thị, sai soạn thư thay lời mình đề nghị Duy Chỉ hợp sức. Sau khi Duy Chỉ trả lời đồng ý, tháng 10 năm 1790 Trịnh Bồng đến huyện An Sơn phía tây Thăng Long, dự định đánh úp thành này. Nhưng ông không trực tiếp thực hiện mà giao lại việc cho Lê Huy Dao chuẩn bị rồi tự mình ẩn náu về vùng thượng du. Đầu năm sau (1791), Trịnh Bồng qua đời tại Cao Lũng. Cùng lúc đó các thuộc hạ của ông bị lộ mưu tập kích Thăng Long và nhiều người bị quân Tây Sơn bắt giết (Lê Huy Dao trốn thoát).[3]

Theo sách Trịnh gia chính phả, vào ngày 11 tháng 1 ÂL năm Tân Hợi (13 tháng 2 năm 1791), Trịnh Bồng qua đời ở đất Cổ Lũng, Ai Lao, hưởng thọ 52 tuổi. Ông có bốn người con trai.

Năm 1802, Nguyễn Ánh lên ngôi vua. Ngày 15 tháng 7 năm đó, vua Gia Long hạ dụ rằng

Nhớ xưa: Họ ta cùng họ Trịnh vẫn là thân thích, quãng giữa bắc nam đôi ngả, thành xa cách nhau. Đó là công việc của tiền nhân, ta cũng không nên nói đến nữa. Tay ta trả được hận, dẹp được giặc, trong ngoài thống nhất như một nhà, thì tình thân qua cát từ xưa, lại nên nhớ đến. Vậy chiếu ban cho trong họ đều biết: nên phải bảo nhau, họp chọn lấy năm, sáu người tộc trưởng, có tài cán biện, đến Hành doanh chầu mừng và đưa cả sổ sách gia tiên, để tìm rõ được chi phái đích thứ, mà thu lục cho, để hậu nghĩa hai họ với nhau.

Do đó, con trai của Trịnh Bồng là Trịnh Tư được cho làm giám thủ việc tế tử Tiên vương họ Trịnh.